Author: astanabe

20141211柏セミナー

20141211柏セミナー

2014年12月11日に東京大学柏キャンパスであったセミナーで使用したスライド。

20141207種生物シンポ趣旨

20141207種生物シンポ趣旨

第46回種生物シンポジウム「情報通信技術を活用した生態環境研究の統合へ向けて」の趣旨説明にて使用したスライド。

20141207種生物シンポ総括

20141207種生物シンポ総括

第46回種生物シンポジウム「情報通信技術を活用した生態環境研究の統合へ向けて」の総括にて使用したスライド。


メタバーコーディングのフレームワークとアルゴリズム

メタバーコーディングのフレームワークとアルゴリズム

2014年3月26日に海洋大で開催された日本プランクトン学会春季シンポジウム「遺伝子解析とプランクトン研究」における講...


系統樹・系統仮説の可視化と系統仮説間の統計的比較 実習編

系統樹・系統仮説の可視化と系統仮説間の統計的比較 実習編

ブートストラップ値が半端な系統仮説の対立仮説を探しだしてAU検定で比較してみる。


分子進化の統計モデリングとモデル選択 実習編

メタバーコーディングが拓く新種探索の新時代

メタバーコーディングが拓く新種探索の新時代

2013年11月6日に京大で開催された「きのこをめぐる冒険」での講演スライド。


最尤系統樹推定と系統樹の信頼性評価 実習編

最尤系統樹推定と系統樹の信頼性評価 実習編

RAxMLで最尤系統樹推定とブートストラップ解析をやってみる。


分子進化の統計モデリングとモデル選択 講義編

分子進化の統計モデリングとモデル選択 講義編

分子進化モデルとモデル選択の説明。


最尤系統樹推定と系統樹の信頼性評価 講義編

最尤系統樹推定と系統樹の信頼性評価 講義編

最尤系統樹推定法とブートストラップ法に基づく信頼性評価法の説明。


系統樹・系統仮説の可視化と系統仮説間の統計的比較 講義編

系統樹・系統仮説の可視化と系統仮説間の統計的比較 講義編

系統樹と系統仮説の関係と系統仮説間の統計的比較方法に関する説明。


分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編

分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編

INSDからデータをダウンロードしてアラインしてトリムして正規表現検索置換で配列名を揃える。


分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 講義編

分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 講義編

分子系統樹推定に適したデータセットの作り方。